Il Museo del Balì è gestito dalla Fondazione “Villa del Balì”, ente non ha scopo di lucro. Essa ha lo scopo principale di gestire nella Villa del Balì un museo della scienza, nonché tutte le iniziative connesse alla missione del Museo, creando le condizioni migliori a tale fine, anche con la partecipazione di privati. Gli Organi Statutari della Fondazione sono:
il PRESIDENTE dell’Assemblea dei Soci e del Consiglio di Amministrazione;
i SOCI: Comune di Colli al Metauro, Comune di Fano, Comune di Cartoceto, Fondazione Cassa di Risparmio di Fano;
